La construcción y funcionamiento del Tren Maya generará impactos negativos sobre la biodiversidad de la región que pueden acumularse a los impactos de otras estructuras lineales ya existentes. Mediante la implementación de un SIG a escala 1:50,000 se identificaron, evaluaron y regionalizaron los impactos más relevantes. Con base en la evaluación de los efectos de barrera y de borde, se proponen diversas medidas de prevención y mitigación, tales como, el incremento de la conectividad de la vegetación, la construcción de pasos de fauna, la reducción de ruido y vibraciones, así como modificaciones al trazo para evitar áreas críticas. Palabras clave: Evaluación Ambiental Estratégica, Tren Maya, fauna, Áreas Naturales Protegidas.